Sistem pinyin juga menyertakan simbol suprasegmental untuk mewakili empat nada bahasa Mandarin. Setiap ton ditandai dengan tanda diakritik di atas huruf vokal bukan medial. Kebanyakan buku-buku di China mencampuri fon, dengan vokal bertanda nada dikemukakan dalam fon yang berbeza dengan huruf-huruf lain, suatu amalan yang sering menimbulkan penampilan yang kurang menyenangkan mata bag teks pinyin. Gaya yang barangkali berdasarkan had teknikal awal, telah menyebabkan ramai orang percaya bahawa hukum pinyin mewajibkan amalan ini dan juga penggunaan "ɑ" (tiada lengkuk di atas) sebagai ganti gaya standard huruf "a" yang didapati dalam kebanyakan fon. Bagaimanapun, peraturan rasmi Hanyu Pinyin, tidak mewajibkan amalan sedemikian. Adalah diingatkan bahawa tanda nada juga boleh muncul pada huruf konsonan dalam sesetengah kata seru.

1. Nada pertama (Nada rata atau tahap tinggi) diwakili makron (ˉ) yang dibubuh pada huruf vokal pinyin:
   ā ē ī ō ū ǖ Ā Ē Ī Ō Ū Ǖ
2. Nada kedua (Nada Naik atau Naik Tinggi) diwakili tanda akut (ˊ):
   á é í ó ú ǘ Á É Í Ó Ú Ǘ
3. Nada ketiga (Nada Turun-Naik atau Rendah) diwakili tanda karon/háček ( ˇ ). Ingat, secara rasmi ini bukanlah breve ( ˘ ) yang ketiadaan bucu tajam di bawah, meskipun salah guna ini amat kerap dijumpai di Internet.
   ǎ ě ǐ ǒ ǔ ǚ Ǎ Ě Ǐ Ǒ Ǔ Ǚ
4. Nada keempat (Nada Turun atau Nada Tinggi-Turun) diwakili tanda grave (ˋ):
   à è ì ò ù ǜ À È Ì Ò Ù Ǜ
5. Nada kelima atau neutral diwakili huruf vokal normal tanpa apa-apa tanda:
   a e i o u ü A E I O U Ü

Sungguhpun tanda nada ini biasanya cuma didapati dalam buku teks pembelajaran bahasa Mandarin bagi murid sekolah atau pelajar asing, namun tanda-tanda ini penting untuk sebutan tepat suku kata bahasa Mandarin, seperti dipaparkan contoh klasik berikut bagi lima aksara Cina yang sebutannya berbeza pada nada sahaja:

Angka sebagai ganti tanda nada اڠک سباݢاي ڬنتي تندا نادا

Oleh sebab kebanyakan papan kekunci dan fon komputer tidak mengandungi tanda makron atau karon, penggunaan digit untuk mewakili nada diamalkan pada akhir setiap suku kata. Contohnya, "tóng" (tong dengan nada menaik) ditaip sebagai "tong2".

Digit yang dipakai bagi setiap nada adalah seperti susunan yang dinyatakan di atas (kecuali "nada kelima" yang, selain dinomborkan 5, juga langsung tidak bernombor atau dinomborkan 0, seperti ma0 (吗/嗎, aksara soalan).

Hukum kedudukan tanda nada هکوم کدودوقن تندا نادا

Peraturan bagi menentukan pada bunyi vokal yang mana tanda nada hendaklah dibubuh adalah seperti berikut:

1. Jika terdapat lebih daripada satu huruf vokal dan huruf vokal pertama ialah i, u, atau ü, maka tanda nada muncul pada huruf vokal kedua.
2. Pada kes-kes lain, tanda nada sentiasa muncul pada huruf vokal pertama.

(y dan w tidak dianggap sebagai huruf vokal bagi hukum ini.)

Sebab-sebab di sebalik peraturan ini adalah kes diftong dan triftong, i, u, dan ü (serta kesamaan daftar ejanya y dan w apabila tiadanya konsonan awalan) dianggap sebagai luncuran medial dan bukannya sebahagian nukleus suku kata dalam fonologi bahasa Mandarin. Peraturan ini memastikan bahawa tanda nada sentiasa muncul pada nukleus suku kata.

Satu lagi algoritma bagi menentukan kedudukan tanda nada adalah seperti berikut:

1. Mula-mula sekali, cari huruf "a" atau "e". Jika mana-mana vokal itu ada, maka vokal itulah yang mengambil tanda nada. Tiada satu sukukata pinyin pun yang mengandungi kedua-dua huruf "a" dan "e".
2. Jika tiadanya huruf "a" atau "e", cari gugusan "ou". Jika "ou" ada, maka huruf "o" mengambil tanda nada.
3. Jika kes-kes di atas tidak benar, maka huruf vokal terakhir dalam sukukata mengambil tanda nada.